Agote es la denominación que ha recibido cierto conjunto de pobladores de las áreas apartadas de los valles de baztan y roncal en Navarra Se conoce su existencia a partir del medievo, muchos han supuesto que la etimología de la palabra agote deriva de gótico o godo (en el País Vasco Francés eran llamados cagots, quizá del occitano ca got, «perro godo»). Menos probable es que la etimología se remonte a los bagaudas.
Los agotes han sufrido durante siglos una discriminación de origen mal conocido. Atendiendo al origen del nombre, algunos autores especulan con la posibilidad de que los agotes fueran de origen godo, quizá desertores de algún ejército refugiados en los valles vasconavarros, donde serían mal recibidos por la población autóctona, lo que daría origen al prejuicio y a la discriminación alimentada por la leyenda. Otra teoría afirma que en su origen fueron delincuentes procedentes de Francia que, para escapar a la justicia, se ocultaron en lazaretos antes de decidir cruzar la frontera, de donde vendría la idea de que son transmisores de lepra, una de las acusaciones más habituales.
Acusados durante siglos de mantener prácticas religiosas ostensiblemente paganas fueron segregados y tratados como «raza inferior» y «herética» impidiéndoseles contraer matrimonio con gentes de otras poblaciones (lo cual les forzó a una cierta endogamia, hecho que reforzó el rechazo hacia ellos). Los agotes sufrieron discriminaciones que les obligaban el vestir un ropaje para ser identificados como tales, frecuentemente debían portar en sus prendas un signo rojo similar a la huella de pie de gato o de pata de oca, signo semejante al que estaban forzados los llamados «gafos», ya que los agotes eran asimismo discriminados con el prejuicio que les creía «portadores de enfermedades». Se les acusaba particularmente de contagiar la lepra y en muchos lugares estaban obligados a hacer sonar una campanilla a su paso para que los no agotes pudieran apartarse a tiempo. La leyenda les atribuía rasgos físicos distintivos, como no tener lóbulo en la oreja, idea que tomó fuerza incluso después de que desapareciera la marginación, cuando cundió la idea de que eran de origen étnico diferente a la población autóctona de los valles. Así, Pío Baroja dice de ellos en Las horas solitarias que tienen
Los agotes no podían mezclarse en ningún caso con los no agotes. En las iglesias navarras solían tener su propio espacio para oír misa, al fondo a la izquierda, bajo el coro, y con frecuencia tenían una entrada propia. También tenían su propia pila bautismal. Una barrera, generalmente una raya en el suelo (en Arizkun era una verja) les impedía acceder a la parte delantera del templo, cerca del altar. Incluso sus ofrendas eran recogidas y puestas aparte de las del resto de los fieles.
En época muy temprana solicitaron y obtuvieron del Papa una bula que obligaba a tratarles igual que al resto de los fieles. No tuvo, sin embargo, casi efectos prácticos y hubo que esperar a 1819 la promulgación de leyes que atajaran la marginación. Ese año las Cortes de Navarra abrogaron las medievales leyes discriminatorias y luego se intentó la deportación de los agotes desde sus valles hacia una población cercana a Madrid que se llamaría Nuevo Baztán, si bien la mayoría de los agotes o permaneció en sus tierras ancestrales o regresó a las mismas. La discriminación así como la conciencia de la existencia de los agotes se fue diluyendo a lo largo del tiempo. El último sitio donde se mantuvo cierto grado de prejuicio hasta bien entrado el siglo XX, según los testimonios de los pobladores, fue la localidad navarra de Arizkun, en la que existe un barrio llamado Bozate (al que se refiere la cita de Baroja), que originariamente era el gueto reservado a los agotes. Era tal el desprecio y sometimiento que tenían que soportar ante las leyes medievales de la época que se les aisló completamente de la sociedad. En Arizkun, más concretamente en el barrio de Bozate el dicho popular era: "Al agote garrotazo en el cogote".
